La guerre de juin 1967 et l'occupation par Israël de la bande de Gaza, ainsi que d'autres territoires arabes, ont ouvert une nouvelle page dramatique pour les réfugiés de Gaza. Les mesures sévères prises par l'armée israélienne au cours des premières semaines, notamment les couvre-feux, les interrogatoires, les détentions et les démolitions de maisons, les visaient en premier lieu. Environ 45 000 d'entre eux ont quitté la bande de Gaza, principalement pour se rendre en Cisjordanie. Ceux qui se trouvaient à l'extérieur pendant la guerre n'ont pas été autorisés à y retourner ; on estime que 13 000 d'entre eux se trouvent en Égypte.
Après juin 1967, les camps de réfugiés de la bande de Gaza sont devenus des lieux de résistance armée, et celle-ci a déclenché une répression brutale. Ariel Sharon, qui était responsable de la région sud au sein de de l’armée israélienne, a mené une campagne en 1970-1971 visant à isoler la bande de Gaza et à imposer une forte emprise militaire sur les camps. Dans le cadre d'une restructuration massive des camps, les routes ont été élargies et de nouvelles ont été tracées pour permettre aux chars de l'armée de se déplacer facilement ; des milliers de maisons ont été bombardées, laissant 16 000 personnes sans abri, dont la majorité a ensuite été transférée à Al-Arish, dans le Nord-Sinaï, tandis que des centaines ont été transférées en Cisjordanie. Près de 12 000 parents de résistants ont également été expulsés vers de nouveaux camps dans le Sinaï.
Outre l'imposition d'un contrôle de sécurité "physique" sur les camps, la stratégie d'Israël consistait en une politique constante de ce que l'on pourrait qualifier de "fragmentation, dispersion et dislocation". Entre 1972 et 1989 (année où les projets de relogement ont été gelés à la suite de l'Intifada), près de 62 000 réfugiés ont été relogés en dehors des camps sur des parcelles de terrain qui leur ont été attribuées ou dans des appartements loués avec des baux bon marché de 99 ans. En 1989, 24 % des habitants des camps et 13 % du nombre total de réfugiés dans la bande de Gaza avaient été relogés. Simultanément, et dans le but de dissoudre la spécificité des camps en tant qu'"entités", le gouverneur général israélien a publié un décret en 1972 qui plaçait les camps sous la juridiction des municipalités voisines. Le conseil municipal de la ville de Gaza a refusé d'appliquer la décision (ce qui aurait signifié l'incorporation du camp de réfugiés de Shati' dans sa juridiction), et il a été dissout par l'autorité militaire. La décision a toutefois été appliquée en ce qui concerne les camps de Rafah, Khan Younis et Deir al-Balah. Quant à al-Bureij, Nussayrat et al-Maghazi, des "comités locaux" ont été créés dans chacun d'eux pour gérer des services tels que l'eau et l'électricité, et ils ont été transformés en "conseils de village" en 1987. Le camp de Jabaliya, quant à lui, est resté sous la juridiction de la municipalité de Nazleh, fondée le 4 février 1952 conformément au décret numéro 203.
Les relations entre la population autochtone et les réfugiés n’ont cessé de s'améliorer après 1967, à la faveur des contacts quotidiens dans les écoles, les lieux de travail, les mouvements de résistance, les syndicats et, dans certains cas, en prison. Les deux groupes ont été confrontés aux mêmes restrictions dues aux conditions politiques et économiques de l'époque (comme le travail en Israël, l'expansion urbaine, la brutalité des forces d'occupation). Les différences d'affiliation politique concernaient tous les résidents, qu'ils soient autochtones ou arrivés plus récemment dans la bande de Gaza. Invariablement, cependant, le statut associé à la "vie dans un camp" plutôt qu'à celui de réfugié continue de définir les relations avec les membres de certaines familles locales aisées, qui se comportent avec les habitants des camps comme ils le font avec les habitants "plus pauvres" des villes ou des zones rurales.
La première Intifada a éclaté en décembre 1987, vingt ans à peine après l'occupation militaire et ses conséquences désastreuses pour les habitants de la bande de Gaza, privés de tout contrôle sur leur vie sociale, politique et économique. Une génération entière de Palestiniens n'a aucun souvenir ou expérience d'autre chose que de l'occupation israélienne. L'Intifada a commencé dans le camp de Jabaliya. Les camps ont été les véritables incubateurs de la résistance sous ses différentes formes : grèves professionnelles et commerciales, avec une large participation des employés, des artisans et des femmes ; protestations populaires ; journées de deuil collectif. En outre, les camps ont connu plusieurs types d'autogestion grâce à la formation de comités populaires chargés de superviser et de faciliter les affaires des résidents.
Avec la création de l'Autorité palestinienne en 1994, aucun changement significatif n'est intervenu dans la représentation administrative ou politique des réfugiés. Alors que l'UNRWA continuait à superviser les camps, un premier conseil municipal a été créé dans la ville de Gaza le 26 juillet 1994, et cette fois il comprenait un membre du camp de Shati', tandis que les municipalités de Rafah, Khan Younis et Deir al-Balah continuaient à représenter les réfugiés dans leurs localités respectives. En 1996, le président Yasser Arafat a pris la décision de former des comités populaires dans les camps, composés de membres d'organisations politiques et d'activistes, comme le demandait l'Union des clubs de services dans les camps. Ces comités étaient rattachés au département des affaires des réfugiés au sein de l'OLP. En 1996 également, les conseils de village des camps d'al-Bureij, al-Nuseirat et al-Maghazi sont devenus des conseils municipaux relevant du ministère de l’Administration locale. Sur décision ministérielle en 1997, des "comités de quartier" ont été créés dans les camps pour assurer les services publics en relation avec les municipalités, l'UNRWA et d'autres prestataires de services. Contrairement à la position adoptée par les organes représentatifs des réfugiés en Cisjordanie, les réfugiés de la bande de Gaza ont participé aux élections municipales organisées par l'Autorité palestinienne en 2005-2006 ; ils n'ont pas considéré cette participation comme une renonciation à leur droit au retour.
Après avoir pris le contrôle de la bande de Gaza en 2007, le mouvement Hamas a mis en place des comités populaires alternatifs ou parallèles, les justifiant par la nécessité d'une "cohésion politique entre le gouvernement et les conseils et comités municipaux". Il a également remplacé les "comités de réforme" par un Conseil des oulémas de Palestine, chargé de la résolution des conflits entre les résidents.
Aujourd'hui, les camps de réfugiés de la bande de Gaza sont toujours surpeuplés, avec 55 000 habitants par kilomètre carré (presque le double de la densité de population de la bande dans son ensemble) ; la moitié des réfugiés vivent toujours dans les camps. Selon une étude réalisée en 2017 par le Bureau central palestinien des statistiques, 54,1 % des réfugiés de la bande de Gaza vivent dans la pauvreté, et 33,5 % dans l'extrême pauvreté ; le taux de chômage est de 54 %. Les conditions socio-économiques de la bande de Gaza ont toujours été mauvaises, à l'exception notable de la première moitié des années 1980, lorsque les camps ont connu un boom économique lié aux opportunités de travail en Israël. L'augmentation des revenus qui s'en est suivie a entraîné une amélioration des conditions de vie des réfugiés. Les vieilles maisons ont été démolies et remplacées par de nouvelles, plus adaptées. De toute façon, l'activité économique des camps ne peut être abordée indépendamment de celle de la bande de Gaza dans son ensemble, qui se caractérise par un manque de ressources, une croissance démographique rapide et des performances médiocres. Les effets paralysants de la politique israélienne de siège et de bombardement chronique ont été en permanence destructeurs. Tous les habitants de Gaza ont ressenti les conséquences de ces pratiques israéliennes, mais ce sont sans aucun doute les résidents des camps de réfugiés qu’elles ont frappés le plus durement.
Plus de soixante-dix ans après la Nakba, les réfugiés de la bande de Gaza insistent sur leur droit au retour, en créant des organes qui reflètent ce désir naturel, ainsi que des outils de résistance qui expriment leur attachement inébranlable à cet objectif. Outre leur intégration dans les organes administratifs de l'UNRWA et leurs activités syndicales, ils ont également créé des comités populaires, des comités de quartier, des clubs de service, des organisations civiles et des centres de bienfaisance. Leur désir de rester en contact avec leurs compatriotes en exil reste une priorité, malgré les défis posés par la distance géographique, le passage du temps et les différentes conditions d’existence des uns et des autres. Grâce aux médias sociaux, aux réseaux de la société civile, aux universités et aux autres lieux de rassemblement de la jeunesse, les réfugiés de la bande de Gaza ont participé à des programmes et à des sessions de formation au cours desquels les expériences de vie en exil ont été partagées. Toutefois, les relations familiales et les affiliations politiques, ainsi que l'appartenance à certaines organisations de masse, restent les principaux canaux de communication entre Gaza et le monde extérieur.
Les Marches du retour, les manifestations du vendredi à la frontière entre la bande de Gaza et Israël que les Gazaouis ont lancées le 30 mars 2018 pour réaffirmer le droit au retour et exiger la fin du blocus, ont également exprimé la volonté de raviver la résistance populaire pacifique, d'élargir le champ de la confrontation et de rejeter le statu quo. La marche a été inspirée par les grandes marches que les réfugiés palestiniens en Jordanie, au Liban, en Syrie, en Cisjordanie et dans la bande de Gaza ont organisées vers les frontières israéliennes en mai 2011. En mars 2018, un certain nombre d'activistes de Gaza ont fondé le Haut Comité national pour la grande marche du retour et la fin du blocus, qui a installé cinq campements près de la frontière. Depuis, l'association a organisé des marches hebdomadaires avec une participation massive chaque vendredi. Les manifestants, non armés, sont invariablement confrontés à une violente répression israélienne, et rares sont les marches qui se terminent sans qu'au moins un manifestant n'ait été abattu. Parfois, le bilan est beaucoup plus lourd : La marche du 14 mai 2018 s'est déroulée au moment de la cérémonie d'ouverture de l'ambassade des États-Unis à Jérusalem et, à la fin de la journée, 58 manifestants pacifiques avaient été tués et 2700 blessés.